Offre de thèse 2010 à ne pas rater!

Oyez oyez jeunes étudiants biologistes en M2!
S'il vous plait, faites passer l'info autour de vous!

Voici une offre de thèse qui vient de sortir dans le cadre des contrats jeunes scientifiques de l'INRA:
"Identification et rôle de micro ARN (miRNA) impliqués dans l’ovogenèse chez les poissons"
sous la direction de Julien Bobe, à l'INRA SCRIBE à Beaulieu, Rennes. Vous trouverez à la fin de ce message l'offre de thèse complète.

Cette thèse CJS présente de nombreux avantages:
- à cette thèse est associé un post-doc de 2 ans à la HARVARD Medical School, Boston (USA) pour travailler sur le rôle des siRNA dans la régulation de l’expression des gènes sous la direction du Dr Shobha Vasudevan.
- La rémunération de la thèse est très avantageuse: "Le contrat jeune scientifique bénéficie de conditions de rémunération particulièrement attractives. Avant l’obtention de son diplôme, le doctorant perçoit 1969 € (brut mensuel). Après l’obtention du doctorat (les 2 ans de post-doc), il perçoit une rémunération s’élevant à 2285 € (brut mensuel). S’ajoute une prime annuelle de 791 € versée semestriellement."

Actuellement en thèse à l'INRA SCRIBE, je peux vous dire que Julien Bobe est un directeur de thèse tip-top, très à l'écoute de ses étudiants et très dynamique.

Si vous êtes intéressés, n'hésitez pas à prendre contact dès maintenant avec Julien:
Julien.Bobe@rennes.inra.fr



Projet de thèse : Identification et rôle de micro ARN (miRNA) impliqués dans l’ovogenèse chez les poissons
Un sujet de thèse portant sur l’identification et rôle de micro ARNs (miRNA) impliqués dans l’ovogenèse chez les poissons est proposé à l’INRA dans l’équipe Différenciation Sexuelle et Ovogenèse (SCRIBE UR1037, Campus de Beaulieu, Rennes, France). Le travail de thèse sera co-encadré par Julien Bobe (DR2 INRA, HDR) et Yann Guiguen (DR2 INRA, HDR).
Ce sujet de thèse est proposé dans le cadre des contrats jeune scientifiques de l’INRA (http://www.inra.fr/les_hommes_et_les_femmes/rejoignez_nous/completer_sa_formation/le_recrutement_de_doctorants/cjs) (CJS) à l’école doctorale VAS (Vie Agro Santé) de l’université de Rennes 1 (http://www.vas.univ-rennes1.fr/).
Le contrat CJS est un contrat à durée déterminée de droit public d’une durée initiale de trois ans. Deux prolongations de trois mois maximum peuvent être accordées exceptionnellement et sous conditions pour achever la thèse. En outre, une fois la thèse soutenue avec succès, ce contrat est renouvelable pour une durée de 2 ans sous conditions de réalisation d’un séjour à l’étranger. Le contrat jeune scientifique bénéficie de conditions de rémunération particulièrement attractives. Avant l’obtention de son diplôme, le doctorant perçoit 1969 € (brut mensuel). Après l’obtention du doctorat, il perçoit une rémunération s’élevant à 2285 € (brut mensuel). S’ajoute une prime annuelle de 791 € versée semestriellement.
Dans le cadre du présent projet, le stage post-doctoral est prévu dans le laboratoire du Dr Shobha Vasudevan (Harvard medical school, Boston, USA) qui développe un travail de pointe sur le rôle des siRNA dans la régulation de l’expression des gènes (Vasudevan et al., 2007).
Le recrutement du doctorant sera réalisé dans le cadre du concours annuel de l’école doctorale VAS (candidatures : avril 2010, sélection : juin 2010).
Contact : Julien Bobe
INRA SCRIBE, Campus de Beaulieu
Julien.Bobe@rennes.inra.fr
Tel : 02 23 48 57 24

Contexte socioéconomique et scientifique :
L’ovogenèse est un processus long et complexe initié lors des étapes précoces de différenciation de la gonade et qui s’achève par la libération, au moment de l’ovulation, d’un ovocyte prêt à être fécondé. Si la régulation, notamment endocrinienne, de l’ovogenèse est bien documentée chez les vertébrés, certains processus sont moins bien connus. Des études récentes ont ainsi pu mettre en évidence le rôle clé de petits ARN non codants dans le processus ovogénétique chez les mammifères, en particulier chez la souris. Chez les vertébrés non-mammaliens les données existantes sont en revanche peu nombreuses. Il est toutefois établi que les micro ARNs (miRNA) sont des petits ARN non codants dont la séquence est très conservée parmi les vertébrés, ce qui a permis l’identification de certains miRNAs dans des espèces de poissons telles que la truite arc-en-ciel, dont le génome n’est pourtant pas connu à ce jour. Leur rôle dans l’ovogenèse reste cependant à explorer. Le travail proposé ici s’inscrit donc dans une démarche exploratoire d’une thématique extrêmement originale d’étude de la régulation de l’ovogenèse par les miRNAs chez les poissons.

Sujet

Les hypothèses et questions posées
Le projet repose sur l’hypothèse que, comme chez les mammifères, les miRNAs jouent également un rôle clé dans l’ovogenèse chez les poissons. La première question à traiter sera donc celle de l’identification des miRNAs exprimés dans l’ovaire (et l’ovocyte) avec un intérêt particulier pour des périodes d’intérêt de l’équipe de recherche qui sont les phase de différenciation sexuelle, de prévitellogenèse et de maturation finale des ovocytes. En complément de ce travail, la dynamique « d’expression » de ces différents miRNAs ovariens ou ovocytaires au cours de l’ovogenèse devra être caractérisée. Enfin, l’objectif sera de caractériser, pour quelques miRNAs, leur rôle dans certaines étapes de l’ovogenèse lors de périodes spécifiques. Le rôle de certains miRNAs dans le contrôle de l’expression, dans l’ovocyte, de certains ARN maternels qui s’accumulent dans l’ovocyte au cours de l’ovogenèse pourra ainsi être exploré.

Les grandes étapes de la thèse et démarche
Dans un premier temps, le projet visera à faire l’inventaire des miRNAs de l’ovaire et de l’ovocyte tout d’abord via l’analyse de données de séquençage disponibles puis par l’hybridation de puces à miRNAs. Ce travail pourra être enrichi par une analyse in silico des données de séquençage du génome de la truite arc-en-ciel qui est porté par l’équipe d’accueil et dont les premiers résultats devraient être disponible courant 2010. Cette première partie impliquera l’analyse de la présence de miRNAs dans de nombreux compartiment tissulaires afin de cibler les mRNAs ovariens. Après cette phase d’inventaire des miRNAs de l’ovaire, le travail se focalisera sur la dynamique d’expression de ces miRNAs ovariens au cours de l’ovogenèse afin d’identifier les fenêtres d’actions de ces miRNAs. En fonction des stades ciblés, une analyse plus fine pourra être réalisée afin d’identifier les différents compartiments du follicule ovariens dans lesquels les miRNAs sont retrouvés. Pour certaines phases de l’ovogenèse subissant un contrôle endocrinien fort, la régulation de l’expression des miRNAs ovariens par ces régulateurs endocriniens (ex : stéroïdes) pourra être envisagée. Enfin, la dernière partie du projet aura pour ambition d’étudier plus en détail le rôle d’un (ou de quelques) miRNA en bloquant par exemple son action in vitro et ce afin d’étudier sa fonction.

Approches méthodologiques et techniques envisagées
L’analyse des miRNAs ovarien impliquera une analyse des données de séquençage (de type illumina) qui auront été obtenues au préalable, un volet d’hybridation de puces à miRNAs et de l’analyse d’expression par PCR en temps-réel (QPCR). L’étude du rôle de miRNAs ovarien sera réalisée in vitro en utilisant différents systèmes de culture disponibles dans l’équipe couplés à l’utilisation de morpholino-oligonucléotides.

Compétences scientifiques et techniques requises
- Biologie moléculaire
- Bioinformatique, notamment analyse de séquences
- Biologie cellulaire
- Manipulation d’animaux


Références bibliographiques des équipes d’accueil

Equipe d’accueil INRA pour la thèse
Gohin M, Bobe J, Chesnel F. 2010. Comparative transcriptomic analysis of follicle-enclosed oocyte maturational and developmental competence acquisition in two non-mammalian vertebrates. BMC. Genomics; 11: 18.
Desvignes T, Pontarotti P, Fauvel C, Bobe J. 2009. Nme protein family evolutionary history, a vertebrate perspective. BMC. Evol. Biol.; 9: 256.
Bobe J, Mahe S, Nguyen T, Rime H, Vizziano D, Fostier A, Guiguen Y. 2008. A novel, functional, and highly divergent Sex Hormone-Binding Globulin that may participate in the local control of ovarian functions in salmonids. Endocrinology. 149: 2980-2989.
Bobe J, Nguyen T, Mahe S, Monget P. 2008. In silico identification and molecular characterization of genes predominantly expressed in the fish oocyte. BMC. Genomics. 9: 499.
Vizziano-Cantonnet D, Baron D, Mahe S, Cauty C, Fostier A, Guiguen Y. 2008. Estrogen treatment up-regulates female genes but does not suppress all early testicular markers during rainbow trout male-to-female gonadal transdifferentiation. J. Mol. Endocrinol. 41: 277-288.

Equipe d’accueil pressentie pour le séjour post-doctoral
Steitz JA, Vasudevan S. 2009. miRNPs: versatile regulators of gene expression in vertebrate cells. Biochem Soc Trans 37: 931-935.
Vasudevan S, Tong Y, Steitz JA. 2008. Cell-cycle control of microRNA-mediated translation regulation. Cell Cycle 7: 1545-1549.
Vasudevan S, Tong Y, Steitz JA. 2007. Switching from repression to activation: microRNAs can up-regulate translation. Science 318: 1931-1934