Proposition de thèse financée CJS (concours VAS)

Bonsoir,

la thèse n°35 "L’ovulation, une réaction de type inflammatoire : analyse post-génomique chez les poissons" proposée par Julien BOBE (INRA SCRIBE) vient d'obtenir un financement CJS, un nouveau type de financement très attractif!
En effet, en plus d'une rémunération bien supérieure aux autres financements pendant les 3 ans de thèse, un post-doc de 2 ans qui se fera à Barcelone est associé à la thèse.

Ce profil peut intéresser les personnes ayant des connaissances en génétique, en repro, ou en immuno.
Vous trouverez + d'infos sur le financement CJS sur le site de VAS.

@ +

Barbara


Voici le sujet:

Profil N° 35 FINANCEMENT CJS
FICHE RESUME DU SUJET DE THESE Champs disciplinaire
Titre de la these
L’ovulation, une réaction de type inflammatoire : analyse post-génomique chez les poissons

UNITE/EQUIPE ENCADRANTE
INRA SCRIBE, Equipe Reproduction des Poissons
NOM DU responsAble SCIENTIFIQUE ET CODIRECTEUR ET EMAIL
Julien BOBE (Julien.Bobe@rennes.inra.fr) - Codirecteur : Alexis FOSTIER (Alexis.Fostier@rennes.inra.fr)

CONTEXTE SOCIOECONOMIQUE ET Scientifique (1500 caractères)
Chez les mammifères, l’ovulation a, depuis longtemps, été comparée à une réaction inflammatoire dont elle présente certaines caractéristiques (Espey, 1980;Espey, 1994). Chez les vertébrés inférieurs, les mécanismes moléculaires impliqués dans le processus d’ovulation sont toutefois beaucoup moins connus malgré l’importance de cette étape pour l’obtention de gamètes femelles fonctionnels et le succès de la reproduction. Les poissons, chez qui il est possible de disposer au même moment de plusieurs milliers de follicules ovariens au même stade de développement, et pour lesquels l’ovulation et la fécondation in vitro peuvent être réalisées, constituent un modèle expérimental de choix pour l’étude des mécanismes d’ovulation. L'exploration de ce modèle expérimental original vise à compléter, de manière générique, la connaissance des mécanismes de type inflammatoire impliqués dans l'ovulation chez les vertébrés.

SUJET
Les hypothèses et questions posées(1500 caractères)
Des analyses transcriptomiques récentes conduites dans notre groupe ont permis de mettre en évidence plusieurs centaines de gènes différentiellement exprimés dans l’ovaire au moment de l’ovulation chez la truite arc-en-ciel (Oncorhynchus mykiss) (Bobe et al., 2006). L’identité de nombreux gènes est cohérente avec l’hypothèse d’une réaction inflammatoire. Il a ainsi été mis en évidence des gènes présentant une forte surexpression à l’ovulation et ayant des fonctions pro inflammatoires, vasodilatatoires, protéolytiques ou coagulantes. Le sujet de thèse proposé s’inscrit dans une démarche de post-génomique et vise à caractériser l’expression et la fonction de certains de ces gènes dans le processus ovulatoire afin de mieux comprendre les mécanismes moléculaires impliqués. Le projet de thèse vise donc à confirmer certaines caractéristiques de types inflammatoires de l'ovulation et à étudier en profondeur certains des mécanismes impliqués.

Les grandes étapes de la thèse et démarches(1400 caractères)
Dans une première étape, l’étude sera menée en parallèle pour une dizaine de gènes candidats, pour lesquels les ADNc initialement déposés sur les puces ayant servi à l’analyse génomique seront séquencés. Des gènes issus du séquençage à ultra haut débit (pyroséquençage, technologie Roche, Génopole Toulouse) de tissu ovarien préovulatoire et ovulatoire prévu courant 2009 pourront également être sélectionnés. Le volet expressionnel de l’étude (profil d’expression et localisation cellulaire) sera réalisé pour un nombre relativement important de gènes, multipliant ainsi les possibilité de choix pour la seconde étape du travail qui consistera à une étude de la fonctionnalité de gène (modulation d'expression) et de protéines (activité in vitro) dans le follicule ovarien en période péri ovulatoire. Dans une seconde étape, un travail de caractérisation fonctionnelle sera effectué sur un nombre plus limité de candidats en s’appuyant sur les possibilités d’expérimentation in vitro. Un accent pourra être mis sur l’étude de la rupture localisée du follicule en caractérisant sur follicules entiers par hybridation in toto l’expression de certains candidats (protéases, inducteurs d’apoptose).

Approches méthodologiques et techniques envisagées(500 caractères)
Le travail fera appel à de l’analyse phylogénétique des gènes candidats, de la PCR en temps réel, de l’hybridation in toto, de l’immulocalisation et du western blotting. La caractérisation fonctionnelle des protéines sera réalisée dans le follicule préovulatoire chez la truite arc-en-ciel ou le zebrafish. En fonction de l’identité des protéines étudiées, il pourra être fait appel à de inhibiteur spécifiques, à l’utilisation de morpholino oligonucleotides et/ou à la surexpression de gènes.

Compétences scientifiques et techniques requises(500 caractères)
Compétence (niveau M2) en Physiologie animale, Biologie cellulaire, Biologie Moléculaire ou Génomique. Des compétences en phylogénie ou une expérience d'analyse in silico seront un plus. Le travail fera appel ponctuellement à des manipulations d'animaux.