Autre Offre de thèse financée concours VAS

Sujet cofinancé INRA-Région Bretagne

Titre de la thèse :
Mise en place et évolution du tissu conjonctif musculaire chez les poissons. Relation avec la qualité de la chair.

Unité/équipe encadrante :
INRA-Scribe, équipe croissance et qualité de la chair des poissons

Nom du responsable scientifique et codirecteur :
Rescan Pierre-Yves et Florence Lefevre

Contact : Pierre-yves.rescan@rennes.inra.fr

Contexte socioéconomique et scientifique :
La maîtrise de la qualité de la chair des poissons constitue un enjeu majeur pour la compétitivité des filières piscicoles. La texture de la chair est un critère essentiel de la qualité pour les propriétés sensorielles mais auss ipour l'aptitude à la transformation du produit. La fermeté et la tenue de la chair de poisson résultent enparticulier des caractéristiques de la trame matricielle déposée par le tissu conjonctif (Bugeon et al., 2004). Or très peu de choses sont connues sur les mécanismes cellulaires dont dépendent la mise en place embryonnaire du tissu conjonctif musculaire et sur la plasticité de son évolution à des stades postlarvaires en réponse notamment aux conditions d’élevage. La réalisation d’une thèse portant sur la morphogénèse du tissu conjonctif et les effets sur la texture des variations de son évolution élargirait notre compréhension des mécanismes biologiques dont dépendent le développement du myomère et la construction de la qualité.


Sujet
Les hypothèses et questions posées
Chez l’embryon de truite, nous avons rapporté l’installation, en fin de somitogénèse, de cellules de type fibroblastique situées au niveau des myoseptes et qui expriment le collagène I (Rescan et al., 2005). L’origine embryologique de ces cellules reste à préciser. Notre hypothèse est qu’elles proviendraient, au moins en partie, d'une sous population du sclérotome. Par ailleurs on ne connaît pas les gènes mobilisés au cours de la construction de la matrice chez l'embryon: il s'agira ici de les identifier. Enfin certaines observations suggèrent une plasticité essentielle de la matrice extracellulaire par exemple au cours de la croissance compensatrice (Rescan et al., 2007). Il s'agira de caractériser cette plasticité en fonction des facteurs d’élevage et de la relier avec la resistance mécanique de la chair (texture).

Les grandes étapes de la thèse et démarche
Il s’agira d'abord et au moyen de l’hybridation in situ recourant à des gènes marqueurs, mais aussi de la transgénèse (avec pour transgène : pColl I-GFP), de décrire l’origine embryonnaire et l’évolution des cellules responsables de la mise en place du tissu conjonctif intramusculaire et perimuscualire. Cette étude sera
complétée par de nombreuses hybridations in situ destinées à rendre compte chez l'embryon et la larve des patrons d'expression de gènes codant des composants de la matrice extracellulaire du muscle. Il s’agira enfin de décrire l’évolution du tissu conjonctif (et de la matrice extracellulaire qu’il dépose) jusqu’au stade adulte et
de rendre compte de la plasticité de ce tissu en fonction de facteurs d’élevage notamment contraints par les exigences d'une aquaculture "durable" (remplacement des farines de poissons par des produits d’origine végétale et/ou l’utilisation du circuit fermé). Une analyse instrumentale de la texture sera effectuée concomitemment afin de mettre en relation propriétés du tissu conjonctif et fermeté de la chair.

Approches méthodologiques et techniques envisagées
L’étudiant recourra à l’analyse transcriptomique (lames Agilent), l’hybridation in situ (nombreuses EST de truite déjà disponibles) et l’immunolocalisation. L’analyse instrumentale de la texture se fera par des mesures de résistance mécanique.

Compétences scientifiques et techniques requises par le candidat
Bonne culture scientifique en biologie cellulaire et moléculaire (accessoirement en biologie du muscle). Connaissance des techniques générales de la biologie moléculaire (incluant tout ou partie : extraction et hybridation d’acides nucléiques, RT-PCR, hybridation in situ, clonage d'ADN.